Covid19 : variant britannique, analyse de la réponse de BioNtech

BioNTech a prépublié une étude pour "démontrer" l'efficacité de son vaccin sur le variant anglais (B117). Ici, je vous explique en quoi les auteurs sont de mauvaise foi (ou alors incompétents).

Un préambule sur deux articles de Médiapart ce week-end :

  • sur les réactions allergiques suite à la vaccination Pfizer ou Moderna. Il y est question du PEG polyethyleglycol. J'en avais déjà parlé dans mon billet du 22 décembre 2020. Mieux vaut tard que jamais.
  • sur l'espacement des injections. Il y est question de l'ADE (phénomène des anticorps facilitant l'infection). J'en avais déjà parlé dans mon billet du 18 novembre 2020. Mieux vaut tard que jamais.

Un article du Monde hier qui reprend en gros dans le même ordre les papiers cités dans mes billets sur les variants et réponse vaccinale du 8 janvier 2021 et du 21 janvier 2021. A tel point que je me suis même demandé si ils m'avaient lu...


Pour rappel, les vaccins Moderna et Pfizer/BioNTech... aident l'organisme à développer une réponse immunitaire contre la protéine virale Spike, responsable de l'entrée du virus dans nos cellules. Les variants sud africain, britannique ou brésilien comportent des mutations sur Spike et certaines sont localisées dans le RBD (domaine de liaison ou site actif de Spike permettant sa liaison à la protéine ACE2 sur certaines de nos cellules). Des mutations dans le RBD peuvent changer l'activité de Spike et donc l'infectiosité du virus mais aussi la capacité des anticorps développés suite à la vaccination à reconnaître le virus.


Suite aux craintes sur l'efficacité des vaccins pour les variants brésilien, sud-africain et britannique, Pfizer/BioNTech communiquent. Dans mon billet du 8 janvier 2021, je revenais sur leur prépublication sur la mutation N501Y réalisée par leur soin et surtout sur une prépublication qui remettait fortement en question l'efficacité du vaccin sur le variant brésilien et sud-africain.

BioNTech a prépublié une étude le 19 janvier 2021 pour "démontrer" l'efficacité de son vaccin sur la variant anglais. Après lecture attentive de cette publication, je suis choqué par tant de mauvaise foi et je vous explique pourquoi.

Les chercheurs de BioNTech ont comparé la capacité des séra (partie du sang qui contient des anticorps) de 16 personnes vaccinées avec leur vaccin à neutraliser des pseudo virus portant le Spike de la souche de Wuhan (sauvage, celui qui a servi à élaborer le vaccin) à des pseudo virus arborant le Spike du variant britannique appelé B117).

Fig. 1. 50% pseudovirus neutralization titers of 16 sera from BNT162b2 vaccine recipients against VSV-SARS-CoV-2-S pseudovirus bearing the Wuhan or lineage B.1.1.7 spike protein. © Alexander Muik et al doi: https://doi.org/10.1101/2021.01.18.426984 Fig. 1. 50% pseudovirus neutralization titers of 16 sera from BNT162b2 vaccine recipients against VSV-SARS-CoV-2-S pseudovirus bearing the Wuhan or lineage B.1.1.7 spike protein. © Alexander Muik et al doi: https://doi.org/10.1101/2021.01.18.426984

Conclusion des auteurs : pas de différence ! Ainsi, le vaccin Pfizer/BioNTech (et donc tous ceux ciblant le Spike de la souche initiale de Wuhan - c'est-à-dire (quasi) tous les vaccins en développement-) immuniserait aussi bien contre le mutant B117 que contre la souche initiale de Wuhan !

Alors quels sont les problèmes ?

  • Le nombre d'échantillons (nombre de sera) est trop faible pour faire une analyse statistique de moyenne à moyenne ou de médiane à médiane. Surtout il s'agit des mêmes échantillons qui sont testés contre le Spike de Wuhan ou le B117, ils sont liés. D'ailleurs il saute aux yeux que les droites descendent.
  • L'analyse du ratio est bien plus pertinente. Calculer le rapport de la valeur en réponse à la souche de B117 / souche de Wuhan. Si la valeur est supérieure à 1, la réponse contre B117 est meilleure que contre la souche initiale. Si le rapport diminue, la réponse est moins bonne contre B117.

Justement, c'est ce que les auteurs ont calculé ! mais il faut aller dans les données supplémentaires Figure S3.

6Fig. S3. Plot of the ratio of pVNT50 between SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 and Wuhan reference  strain  spike-pseudotyped  VSV. © Alexander Muik et al doi: https://doi.org/10.1101/2021.01.18.426984 6Fig. S3. Plot of the ratio of pVNT50 between SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 and Wuhan reference strain spike-pseudotyped VSV. © Alexander Muik et al doi: https://doi.org/10.1101/2021.01.18.426984

C'est même plus visuel avec les données brutes sur le tableau supplémentaire 1.

Table S1.pVNT50 values of 16 BNT162b2 post-immunization sera against Wuhan   vs B.1.1.7 © Alexander Muik et al doi: https://doi.org/10.1101/2021.01.18.426984 Table S1.pVNT50 values of 16 BNT162b2 post-immunization sera against Wuhan vs B.1.1.7 © Alexander Muik et al doi: https://doi.org/10.1101/2021.01.18.426984

 

Que voit-on ? Globalement, les rapports sont diminués.

12 des 16 échantillons ont une moins bonne neutralisation de B117 que de la souche de Wuhan. C'est déjà en opposition avec leur conclusion!

Si on se met à leur niveau de raisonnement ont pourrait affirmer sans vergogne que 75% des personnes vaccinées testées répondent moins bien contre la souche britannique B117 que contre la souche initiale !

  • La moyenne des rapports des 12 personnes est de 0,67, ce qui veut dire que chez 75% des vaccinés la neutralisation baisse d'un tiers. La question serait donc de savoir si la perte d'une tiers a une conséquence biologique, les auteurs n'en parlent pas.
  • ENFIN Les auteurs de cette étude sont ceux qui ont fabriqué le vaccin. Ils ont fait une étude de phase 3 avec plus de 15000 personnes vaccinées ! Ne leur était-il pas possible d'avoir quelques sera de plus pour ces expériences ? Ils n'ont daigné en utiliser que 16 ??? C'est pas sérieux!!

 

Pour finir :

Combien d'articles de journaux ayant repris cette publication sont allés dans le détail ? ou seulement plus loin que le titre de la prépublication ?

En fait je pensais (comme beaucoup) que les espaces de prépublication comme Biorxhiv étaient une bonne idée afin de mettre immédiatement des analyses disponibles aux chercheurs, le partage des connaissances, surtout avec la covid. Sauf que ce partage non évalué par les pairs est finalement utilisé pour passer des messages non vérifiés mais pris pour argent comptant par les media de masse et les politiciens pour justifier des décisions politiques.

Ce n'est pas ça la Science. Ceci est du démarchage commercial sans scrupules, de la publicité mensongère.

Le Club est l'espace de libre expression des abonnés de Mediapart. Ses contenus n'engagent pas la rédaction.

L’auteur·e a choisi de fermer cet article aux commentaires.