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Billet de blog 4 mai 2022

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Un regard sur Omicron ailleurs

Dernier billet d'analyse publié ce blog.

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Ce blog est personnel, la rédaction n’est pas à l’origine de ses contenus.

Par souci de cohérence, on observe ici la récente évolution de quelques pays dont on a suivi l’évolution face au Covid-19 dans quelques billets précédents, en raison de leurs politiques diverses de traitement précoces. (Voir ici, ici, ici, ou .)

Mexique

Depuis le 25 avril, le gouvernement mexicain semble avoir raréfié la publication des mises à jour, jusque-là quotidiennes, des chiffres du Covid. (Source.)

Peut-être le besoin s’en fait-il moins sentir : en effet, les nombres de cas identifiés et de décès ont atteint depuis début avril leurs plus bas niveaux depuis le début de la crise, laissant penser que l’épidémie est peut-être terminée.

Nombre de cas de Covid enregistrés au Mexique, état par état © Enzo Lolo d'après les chiffres du gouvernement central mexicain

Sur le graphique correspondant au nombre quotidien de personnes testées positives, on voit la spectaculaire vague due au variant Omicron, qui dépasse de loin les précédentes vagues. En proportion de sa population, la Basse Californie du Sud est l’état ayant enregistré le plus haut pic d’incidence de tests positifs, suivie de Ciudad de Mexico et de San Luis Potosí ; et le pic le plus bas est celui du Chiapas.

Le graphique ci-dessous est le même, à une échelle différente, correspondant davantage à l’amplitude des vagues précédentes, et permettant de zoomer afin de mieux visualiser l'incidence des cas détectés en avril 2022 — après la vague Omicron —, en comparaison avec les deux années écoulées.

Nombre de cas de Covid enregistrés au Mexique, état par état © Enzo Lolo d'après les chiffres du gouvernement central mexicain

(Remarque : l’étendue de ces graphiques s’arrête 8 jours avant la date des dernières données publiées. En effet, les fichiers mexicains correspondent aux dates des événements et non pas à la date de collecte des données, et chaque mise à jour du fichier intègre des corrections sur les chiffres du passé, lorsque de nouvelles données sont collectées. Les chiffres sont donc susceptibles de corrections, et ceux des 8 derniers jours sont particulièrement susceptibles de réévaluation au fur et à mesure de la collecte des données provenant des centres de tests et des hôpitaux. On a donc volontairement renoncé à afficher la portion de courbe correspondant à ces 8 derniers jours, sensiblement sous-évalués.)

Le graphique suivant concerne les « décès Covid », dont l’évolution est — logiquement — aussi favorable en avril 2022. De plus, on y observe une vague Omicron nettement moins létale que les précédentes : plus basse et surtout plus brève, sa mortalité n’a absolument pas explosé comme l’a fait le nombre de cas identifiés.

Nombre de décès Covid enregistrés au Mexique, état par état © Enzo Lolo d'après les chiffres du gouvernement central mexicain

A quoi cette apparente disparition du Covid-19 au Mexique peut-elle être due ? Le taux de vaccination du Mexique n’est pas parmi les plus élevés du globe, et les vaccins anti-Covid ne sont donc probablement pas l’explication qui s’impose.

On sait en revanche que la Sécurité Sociale mexicaine du secteur privé (IMSS) a une politique de traitement précoce, ainsi que plusieurs états du Mexique, et que le bilan qui en a été publié est positif. Bien que la presse et de nombreux dirigeants politiques, au Mexique comme ailleurs, continuent d’affirmer que ces traitements ne sont pas assez prouvés, il est possible que des médecins préfèrent les prescrire aux patients atteints du Covid plutôt que d’attendre des « preuves », qu’aucun essai ne semble se préparer à chercher.

Brésil

Au Brésil, la situation est assez semblable.

On y observe également une forte incidence liée à la vague Omicron, qui s’est envolée simultanément dans à peu près tous les états brésiliens au début de 2022, alors que l’épidémie semblait presque avoir disparu :

Nombre de cas de Covid enregistrés au Brésil, état par état © Enzo Lolo d'après les chiffres du Ministère brésilien de la Santé

(Source)

Mais au Brésil comme dans la plupart des pays, la mortalité due à Omicron a été bien moindre qu’avec les précédents variants. (Il y a quelques exceptions — telles que Hong Kong, la Chine continentale, la Corée du Sud, le Japon, l’Australie ou la Nouvelle Zélande — où Omicron provoque une mortalité inédite, pour des raisons que ce billet ne cherche pas à interroger.)

Décès Covid enregistrés au Brésil, état par état © Enzo Lolo d'après les chiffres du Ministère brésilien de la Santé

Le Brésil n’a peut-être pas une situation d’aussi bonne apparence que le Mexique depuis avril 2022, mais la mortalité y est tout de même à peu près aussi basse qu’elle n’a jamais été depuis l’arrivée du Covid-19.

(A noter : certains pics — en forme de dents — sont liés à des rattrapages de données tardivement rapportées. C'est vraisemblablement le cas de l'apparente remontée à la toute fin du graphique : l'état de Rio de Janeiro a déclaré 124 décès le 27 avril, en net contraste avec les chiffres des jours précédents ou suivants et avec la moyenne de 17 décès par jour observée en avril 2022.)

On observe notamment une faible mortalité dans l’état pauvre du Para, dont le gouverneur a mis en place dès le printemps 2020 une politique de facilitation de la mise à disposition des traitements précoces, et qui s’est depuis trouvé systématiquement sous la moyenne brésilienne de mortalité (courbe rouge épaisse). L’attitude des médecins brésiliens envers les traitements précoces face au Covid-19 est difficile à deviner. En effet, les déclarations du président Bolsonaro, favorable aux traitements précoces mais n’ayant rien fait pour les favoriser, a suscité une forte opposition de principe. D’un autre côté, plusieurs expériences ont été menées au Brésil (au Para comme on vient de le mentionner, mais aussi par exemple dans la ville d’Itajai), et les publications qui en rendent compte sont positives. Selon que les médecins donnent la priorité à leurs sentiments politiques ou à leur confiance dans les publications scientifiques, on peut imaginer des attitudes différentes. Quoi qu’il en soit, les traitements précoces ont une existence concrète au Brésil, et un certain nombre de médecins en ont une expérience, directe ou indirecte.

Parmi les patients atteints du Covid-19 la proportion de ceux recevant un traitement précoce reste toutefois délicate à évaluer.

Inde

Sur encore un autre continent, l’Inde connaît également une situation extrêmement favorable depuis près de deux mois. La façon de présenter les données est particulière en Inde et cela mérite d’être abordé afin de comprendre les courbes. En particulier, le site du Ministère indien de la Santé ne communique pas le nombre de « cas détectés », comme on a l’habitude de les voir notamment au Mexique au Brésil ou en France, mais le nombre de « cas en cours » (active cases), c’est à dire les cas non-résolus : ni guéris ni décédés. Il faudrait pouvoir vérifier si, par exemple, un test positif chez une personne asymptomatique est considéré comme un cas en cours ou comme un cas résolu. Quoi qu’il en soit, cette différence entre cas détectés et cas en cours est peut-être un élément d'explication de la faible amplitude de la courbe des cas en Inde lors de la vague Omicron : elle ne dépasse pas celle de la vague Delta, observable à gauche du graphique. (Le graphique ci-dessous ne remonte pas au-delà de la vague Delta, faute de données collectées par nos soins à l’époque, mais on peut observer sur OurWorldInData qu’avant Delta, l’Inde avait enregistré un épisode épidémique modéré.)

Nombre de cas de Covid en cours en Inde, état par état © Enzo Lolo d'après les chiffres du MoHFW

(Source.)

Quelques remarques utiles pour interpréter ce graphique, où chaque courbe pleine représente le taux de prévalence des cas en cours dans un état de l’Inde, et la courbe pointillée le taux de prévalence pour l'ensemble de l'Inde :

Comme tous les graphiques utilisés dans ce billet, le nombre d’événements (cas détectés, décès ou, comme ici, cas en cours) est représenté en proportion de la population de l’état. Ainsi, le pic le plus élevé, atteint le 25 mai 2021 (vague Delta), pour l’état de Lakshadweep, correspond en réalité à 2320 cas de Covid-19 en cours dans les Îles Laquedives, très peu peuplées (73 000 habitants), et pour lesquelles ces 2320 cas représentaient un taux de prévalence d’environ 3,2 % de la population — ou 32 000 cas par million d’habitants, comme indiqué par l’échelle du graphique. Quant au pic (nettement plus bas) atteint le 1er mai 2021 en Uttar Pradesh, il correspondait à un nombre bien plus élevé : environ 310 000 cas en cours ; dans cet état peuplé de près de 240 millions d’habitants, cela ne représentait en effet qu’environ 1300 cas par millions d’habitant ; autrement dit, 0,13 % de la population était enregistrée comme « cas en cours » le jour de ce pic de la vague Delta.

De même pour le graphique suivant, celui des décès Covid, les différences de population entre états génèrent des « sensibilités » diverses de chaque courbe face aux événements. Un décès aux Laquedives se traduit par un pic de hauteur moyenne sur le graphique, tandis qu’en Uttar Pradesh, 30 décès sur une journée resteront presque invisibles sur la courbe ; situation intermédiaire, la courbe de l’état du Mizoram (1,2 millions d’habitants) donnera lieu à une petite « dent » visible sur le graphique dès qu’un décès sera enregistré durant une journée.

Comme on le verra, ce graphique des « décès Covid » quotidiens en Inde pose un autre problème d’interprétation.

Décès Covid enregistrés en Inde, état par état © Enzo Lolo d'après les chiffres du MoHFW

En effet, ce graphique est hérissé de pics. S’agit-il toujours de petits états, pour lesquels quelques décès conduisent à un pic visible ? Non : certains pics correspondent à des rattrapages de données, effectuées de temps à autres par les autorités des divers états. Contrairement au Mexique, qui attribue chaque décès à sa date réelle (quitte à mettre à jour les chiffres du passé dans ses fichiers), l’Inde — comme le Brésil, mais aussi comme la France — attribue chaque décès à sa date de communication aux autorités nationales de santé. Ainsi, des retards dans la collecte locale des informations peuvent être rattrapés, apportant un nombre élevé d’événements d’un coup, et donnant lieu à des pics sur les graphiques : par exemple, lorsque le 20 juillet 2021 le Maharashtra (123 millions d’habitants), qui comptait environ 150 décès par jours à cette époque, déclare 3656 décès incluant des décès anciens qui n’avaient pas encore été déclarés, le pic qui correspond à ce jour se voit très nettement. De même, l’état d’Assam a déclaré 1347 décès anciens le 25 avril 2022, donnant lieu à un pic important sur sa courbe de mortalité, en vert, tout à droite du graphique.

De nombreux états ont ainsi procédé à des rattrapages de données, à des dates diverses ; certains, comme Goa, le Bihar ou le Maharashtra, ont plusieurs fois rapporté des données anciennes. Et il arrive, comme dans deux exemples signalés sur le graphique, que le rattrapage effectué par un état se répercute sur l'allure de la courbe (pointillée) de l'Inde — ce que l'on retrouve aussi par exemple sur les courbes d'OurWorldInData.
Un état, le Kerala, se distingue en ce qui concerne les rattrapages. Depuis octobre 2021, le Kerala déclare chaque jour des rattrapages de décès, ce qui donne lieu à une note en bas du tableau des données Covid fournies chaque jour sur le site du Ministère de la Santé (cliquer sur le bouton « State Data », à droite de la page, pour accéder au tableau.) Exemple au 3 mai 2022 :

Tableau des données Covid indiennes (extraits) © MoHFW

D’ailleurs, depuis le 11 janvier 2022, le Ministère de la Santé indien a modifié la présentation de ses données quotidiennes, ajoutant une colonne pour le nombre de décès rattrapés (« Death Reconciled »), essentiellement consacrée au Kerala.

On lit sur le tableau du 03/05/2022 que 31 décès Covid ont été rapportés en Inde, dont 2 dans les 24 dernières heures et 29, en rattrapage, par le Kerala. (Les deux décès de moins de 24h sont un décès à Delhi et un dans le Maharashtra.)

Un des inconvénients de cette méthode est que, si l’on peut savoir que les événement « rattrapés » ne sont pas intervenus le jour-même, on ne sait pas à quelles dates les attribuer réellement.

Un autre inconvénient est bien sûr que les courbes affichées ne rendent pas compte de l’évolution de l’épidémie au cours du temps. Pour le Kerala spécifiquement, la courbe de mortalité affichée plus haut semble présenter un important regain à partir d’octobre 2021, particulièrement marqué lors de la vague Omicron. Mais, en partie au moins, ce regain n’est qu’illusoire : il s’agit de décès plus ou moins anciens rapportés de façon décalée. A quelles périodes ces décès se rapportent-ils ? A la vague Delta, voire plus tôt ? ou datent-ils de quelques jours ? Sauf exception, les informations fournies par le Ministère de la Santé ne permettent pas de le dire.

Pour éviter le parasitage visuel de ces rattrapages et tenter de visualiser approximativement l’évolution réelle de l’épidémie, on peut chercher à n’afficher que les décès régulièrement rapportés, en ignorant les rattrapages. Bien sûr, cela conduit inévitablement à une sous-estimation générale de la réalité par les courbes, et en particulier par celle du Kerala. En effet, parmi les 69 000 « décès Covid » déclarés par le Kerala, plus de 30 000 ont été déclarés sous forme de rattrapages depuis le 27 octobre 2021. Le graphique ci-dessous ne représente donc que 39 000 des 69 000 décès du Kerala, et omet les décès « rattrapés » par les autres états (en proportion nettement moins importante que pour le Kerala)

Décès Covid enregistrés en Inde, état par état © Enzo Lolo d'après les chiffres du MoHFW

Malgré l’incertitude due aux rattrapages (que l’on ne sait pas situer dans le temps), on peut observer que la vague Omicron, en janvier et février 2022, a fait nettement moins de victimes et s’est plus rapidement éteinte que la vague du printemps 2021. Sur l’ensemble du mois d’avril 2022, l’Inde a enregistré 335 décès Covid (et 2404 décès rattrapés, dont on ne peut exclure qu’une partie soit intervenus en avril.) On voit également que quelques états (Goa, Kerala, Puducherry, Mizoram...) ont connu une hausse visible de mortalité, tandis que pour d'autres états, les courbes sont restées proches de zéro.

Quelques observations à propos de l’Inde.

On l’a déjà évoqué (ici ou , par exemple), les états indiens n’ont pas tous émis des recommandations de traitements similaires face au Covid-19. En particulier, même lorsque le gouvernement central recommandait l’ivermectine en traitement précoce (recommandation affichée du 22 avril au 25 décembre 2021), certains états ont décidé de ne pas s' conformer et d'émettre des recommandations différentes.
Sur le graphique des cas de Covid en cours, les deux seuls états qui semblent ne pas avoir vu le Covid faire de pause entre la vague Delta et la vague Omicron sont le Kerala et le Mizoram, deux états très différents, l’un très peuplé (le Kerala, à la pointe Sud de l'Inde, avec 39 millions d’habitants, une densité de 1000 habitants/km² et 1,5 doses de vaccin par habitant en moyenne) et l’autre très peu (le Mizoram, à l’Est (au-delà du Bangladesh), peuplé d’un million d’habitants avec une densité de 50 habitants/km² et 1,3 doses de vaccin anti-Covid par habitant). Ils ont toutefois un point commun : leurs gouvernements n'ont pas recommandé l’ivermectine en traitement précoce. Le Mizoram a limité ses préconisations aux anticorps monoclonaux pour le traitement précoce, et le Kerala recommandait le Budesonide en inhalation, et si l’ivermectine figure sur ces recommandations du 25 avril 2021, c'est de façon très restreinte : uniquement pour les patients nettement symptomatiques (« Catégorie B ») ayant de plus des facteurs présentant un risque élevé face au Covid-19.

Inversement, les états les plus proactifs concernant l’ivermectine, comme l’Uttar Pradesh, qui a dépêché des brigades sanitaires dans les campagnes pour distribuer des traitements, et dont des journaux publiaient une ordonnance à présenter en pharmacie en cas de Covid, ont eu un bilan — aussi bien en nombre de « cas en cours » qu’en décès — bien plus favorable.

Cette simple observation ne permet pas à elle-seule de tirer une conclusion quant à l'effet de ces recommandations sur le bilan du Covid-19, mais elle vient s’ajouter à toutes celles que l’on a pu faire : le nombre de publications scientifiques observant une meilleure évolution des patients traités par ivermectine (surtout associée à un traitement antibiotique et/ou au zinc), le bilan fait par la ville de Mexico, les observations de médecins du monde entier, la fréquente mauvaise foi des détracteurs des traitements précoces, leur recours massif aux attaques ad hominem ou à la censure, etc.

Quelques remarques générales sur l’usage des traitements précoces face au Covid-19.

De rares pays interdisent activement aux médecins de traiter les patients atteints de Covid avec les quelques molécules repositionnées ayant été remarquées par des chercheurs lors d'essais cliniques. C’est le cas de certains états de l’Australie, où les médecins risquent la prison s’ils prescrivent de l’hydroxychloroquine ou de l’ivermectine à leur patients atteints de Covid-19 ; c’est le cas dans certains états états-uniens, où des médecins se sont vu retirer leur licence pour avoir prescrit de l’ivermectine.

Mais ce sont là des exceptions. En France, exemple intermédiaire, s’il est interdit aux médecins de faire part publiquement d e leur expérience ou de leur avis favorables — sous peine de poursuite par l’Ordre des Médecins et de sanction pouvant aller jusqu’à l’interdiction d’exercer — il n’y a pas d’interdiction de prescrire, mais de simples (et réelles) pressions. Dans la plupart des pays, la liberté de prescrire est totale, et les pressions sont simplement dues aux campagnes médiatiques encourageant ou dénigrant tel ou tel traitement. Et dans un certain nombre de d'états, notamment en Inde ou au Brésil des médicaments tels que l’hydroxychloroquine ou l’ivermectine sont généralement en vente libre sans ordonnance.

Tout cela pour souligner que les recommandations officielles émanant des autorité sanitaires d’un état ne jouent pas forcément de façon automatique et décisive sur le comportement des médecins et des malades. Ce n’est pas parce que le Ministère indien ou brésilien de la Santé recommandaient l’ivermectine en traitement précoce que tous les médecins du Brésil et de l’Inde se sont mis à la prescrire, ni que tous les patients de ces deux pays se sont mis à recevoir des traitements précoces en cas de Covid-19.

Inversement, ce n’est pas parce que l’Inde a retiré l’ivermectine de ses recommandations fin 2021 que les médecins qui la prescrivaient ont cessé de le faire, ou que les Indiens ont tous cessé de se traiter s’ils se savaient touchés par le Covid-19.

Ce qui est décisif, c’est d’une part l’expérience qu’ont pu acquérir les médecins, forgeant leur appréciation quant à l’efficacité des traitements sur leurs observations auprès des malades qu’ils ont traités, et d’autre part l’idée que les patients se font des traitements en question, elle-même découlant de l’expérience de leurs proches ou de l’information dont ils disposent.

Bien sûr, faute de données sur les ventes de médicaments, le taux de recours aux traitements précoces en général et à l’ivermectine en particulier est impossible à évaluer, en Inde au Brésil ou au Mexique comme ailleurs.

Conclusion

Quoi qu'il en soit, et en laissant de côté la question des traitements précoces, on peut observer que tous les pays ne connaissent pas la même évolution du Covid-19 que la France ou l'Europe. Ni l'Inde ni le Mexique ni le Brésil ne semblent connaître une "double-vague" Omicron, comme la France, l'Italie, la Grande Bretagne et quelques autres pays européens. Et ils semblent — au moins provisoirement — ne plus être en période épidémique depuis plusieurs semaines.

A défaut de l'expliquer, il ne serait pas inintéressant de le remarquer et de s'interroger sur les origines de ces différences. Ce que les médias ou les autorités françaises ne font absolument pas.


[En raison de la politique de dépublication pratiquée sans sommation par la modération de Mediapart sur des critères discutables et imprévisibles, ce billet est également publié ici. Par ailleurs, ce billet est le dernier de ce blog, à l'exception d'un "bilan personnel". Devant le degré de censure et d'entrave au partage de réflexions exercées par Mediapart, l'auteur n'a pas souhaité reconduire son abonnement, qui prend fin le 5 mai 2022. Les prochains billets seront directement publiés sur https://www.covid-factuel.fr

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